Medan Shinichi och Ran trivs på Tropical Land, springer Shinichi iväg för att inspektera två misstänkta män i svart som gör en skuggig affärsavtal. Gin slår ut Shinichi bakifrån och tvingar honom sedan att ta ett experimentellt läkemedel som krymper hans kropp. Efter att ha kommit hem, ber Shinichi professor Agasa om hjälp. Agasa varnar för att för att hålla sig säkert gömd för männen i svart kan Shinichi inte berätta för någon om sin sanna identitet – inte ens Ran – som tillfälligt dyker upp och avser att kontrollera Shinichi. Agasa övertygar henne att ta hand om Shinichi, som berättar för henne att han heter Conan Edogawa . På väg till hennes hus, Rans far Kogororusar ut på spåret av ett ärende. Han skryter över att han har anställts för att hitta en VD: s dotter, som kidnappades av en ”man i svart”. I hopp om att det är en ledning smyger Conan med sig, följt av Ran, som förklarar Conans situation för Kogoro. I hopp om att varje enskilt fall han löser med Kogoro och Ran leder honom närmare den svarta organisationen, stannar Conan med dem framöver.

På Shinichis hus letar Sherry och hennes teammedlemmar efter var Shinichi befinner sig och Sherry finner att hon redan såg Shinichi när hon kom över i sin bil nära parken. Hon upptäcker också att hans barndomskläder saknas. På en livlig gata i New York pratar Vermouthmed Gin medan hon följs av Jodie Starling och Shuichi Akai i en bil bakom dem. Tillbaka i laboratoriet kontrollerar Sherry listan över personer som behöver undersökas och hittar Shinichis namn där hon går in ”död” i stället för ”okänd” och undertecknar arket ”SHERRY”.

• OP (Opening Theme) & ED (Ending Theme): ”Mune ga Dokidoki” (胸 が ド キ ド キ, ”My Heart Pounding ”) av ↑ THE HIGH-LOWS ↓
  • Texter  och komposition av Hiroto Komoto
• IN (Insert Song): ” Unmei no Roulette Mawashite ” (運 命 の ル ー レ ッ ト 廻 し ”,” Spinning the Destiny Roulette ”) av Zard
  • Texter av Izumi Sakai
  • Komponerad av Seiichiro Kuribayashi