Megure bestämmer sig för att avslöja informationen om ärendet för Kogoro. En begåvad kirurg vid namn Thomas Jinno blev full och begick självmord genom att skära i nacken. Inspektör Tomonari ledde utredningen med sina underordnade Osamu, Shiba och Sato. Under ärendet drabbades Tomonari av en hjärtinfarkt, insisterar på att ingen oroar sig och fortsätter satsningen. Sato tvingas skicka Tomonari till sjukhuset, där han dör av sitt tillstånd. De återstående två ser målen och märker att en av dem är chef Toshiro Odarigis son, Toshiya. Fallet avslutades dock plötsligt som självmord. Megure avslutar sin beskrivning av ärendet med att informera om att Simone och de andra nyligen har undersökt ärendet på sin fritid.

Någon har förföljt Ran på sjukhusets gård och inne i hennes sjukhusrum, vilket har lett till att Conan informerade Kogoro om att hon kanske har sett den skyldige, vilket gör henne till ett möjligt mål. Ran släpps senare ut från sjukhuset.

Nästa dag stannar detektivpojkarna hos Ran och fungerar som livvakter. Ai påpekar att det kan vara bättre om Rans minne inte skulle återvända och att hon önskade att hon också tappade sitt. Det kan noteras att hon avslöjar känslor för Conan, bara för att skjuta upp det som ett skämt. När hon var i sitt hus säger Ran att hon är nostalgisk när hon ser Shinichis bild. Detektivpojkarna, utan att veta att Conan är Shinichi, kritiserar Shinichi för att vara okänslig för att inte återvända för att besöka Ran. Conan är synligt upprörd och arg över situationen. Samma natt frågar Ran Conan om Shinichi.

Dagen därpå väntar Ran, Eri och Conan på tunnelbanestationen för att shoppa när den skyldige plötsligt driver Ran ut på rälsen, bara för att Conan ska rädda sitt liv.

Conan visas djupt utreda de människor som är relaterade till Jinno, vilket får honom att äntligen inse vem den skyldige är. Ett stort genombrott är dock att Jinno skar läkaren som opererade en patient som led av en hjärtinfarkt. Detta orsakade uppenbarligen patientens död. Polischefen ses förfölja Conan.

Ran, på sjukhuset, ser Tropical Land på TV och uppmanar de andra att ta henne dit i hopp om att det hjälper till med hennes minne. Takagi går senare på toaletten och en maskotkaraktär av Tropical Land närmar sig Rachel. Detective Boys jagar maskoten och tar ner dem. Kogoro tar bort maskothuvudet som avslöjar Makoto Tomonari, son till den avlidne inspektören Tomonari. Han hittar också kniven i bröstfickan. Makoto hävdar oskuld, men arresterar honom. Barnen firar sin seger, men Ai tvivlar på att det är slutet. Toshiya, en av de misstänkta i ärendet, tittar tyst med ett flin i ansiktet. Kogoro berättar för Ran att han åker till polisstationen för förhör och ber henne också att stanna vid Tropical Land tills hon återfår sitt minne.

På polisstationen förhörs Makoto. Han avslöjar att han inte närmade sig Ran utan i stället ville han prata med Richard för hans hjälp; hans kniv var för skydd mot mördaren. Männen är förvånade över Makotos bekännelser och inser att Ran är i allvarlig fara.

Tillbaka vid Tropical Land attackerar den verkliga mördaren Ran, men Dr. Agasa skyddar henne och skjuts själv. Conan rusar till hennes hjälp och tar henne snabbt djupt in i Tropical Land, ombord på en motorbåt med den skyldige som ligger bakom sig i sin egen. När den skyldige hörn dem vid en vulkan, lägger Conan sina teorier. Mördaren är kirurgen som skars av Jinno, psykiater Kyosuke Kazato. Han mördade Jinno som hämnd för att ha skadat händerna och förstört hans lovande karriär. Efter att Kazato avgått blev han psykiater, rådfrågades av en av officerarna under den avlidne Tomonari och fick reda på att Jinnos fall återupptogs. Kazato fortsatte och mördade alla kopplingar till ärendet. Ran blev ett mål för att hon såg hans ansikte när han attackerade Sato.

Conan och Ran flyr tillfälligt via en tunnel från Kazato. Kazato kommer ikapp dem, och Conan avslutar sin presentation och förklarar hur Kazato sköt Sato genom ett paraply som var förberett med ett hål i sig och lämnade därmed inga pistolrester på hans kläder när han stack armen genom hålet och avfyrade sitt vapen. Som bevis hänvisade offren till hjärtat, vilket är ett ordspel på Kazatos tidigare yrke som hjärtkirurg. Kazato närmar sig med en pistol och Ran frågar Conan varför skyddar han henne, vilket Conan svarar att han älskar henne. De undgår Kazato igen, och Conan tar Ran till fontänen, samma plats som Shinichi tog Ran för länge sedan. Kazato hittar dem och börjar skjuta på Conan. När fontänen tänds bryter Ran sig loss från sin minnesförlust och kan komma ihåg att Sato tidigare skyddade henne. Hon har flashbacks av flera scener,inklusive en där hon bevittnar Kazatos ansikte. Fontänen stängs av, vilket ger Conan chansen att sparka enCoco-Cola kan på Kazato och slår ut honom. Han vaknar medan Conan inte märker det, och precis när han ska sticka Conan, bryter Ran bladet med sin spark, chockerande Kazato. Hon påminner sedan om alla händelser och fortsätter att brutalt slå ut Kazato och slutligen besegra honom. Alla dyker sedan upp och Kazato tas i förvar. Nyheter kommer senare att Sato överlevde operationen och kommer att återhämta sig helt.

Ran berättar för Conan att linjen hennes pappa sa till sin mamma var att han älskade henne mer än någonting annat i världen och lämnade Conan och sa att han inte kan tro att han använde samma pick-up-linje som den dumma mannen, med hänvisning till Kogoro.

VHS

Filmens VHS släpptes 21 april 2001.  Den avbröts strax efter 2006 då den byttes till DVD.

Region 2 DVD

Filmens DVD släpptes den 24 januari 2001.  En ny DVD släpptes den 25 februari 2011, vilket avsevärt sänkte det ursprungliga priset och lade till trailern som en specialfunktion.

Region 1 DVD

FUNimation Entertainment släppte den engelska dubben Case Closed – Movie: Captured in Her Eyes på Region 1 DVD den 29 december 2009.

Blu Ray

Blu-ray-versionen av filmen släpptes den 27 maj 2011.  Blu-ray innehåller samma innehåll på DVD plus ett mini-häfte som förklarar filmen och BD-live- funktionen.